无参转录组测序检测

检测项目

RNA完整性评估：通过凝胶电泳或微流控技术测定RNA降解程度，参数RIN值≥7.0确保样品可用性。

样品纯度检测：分析RNA中蛋白质和盐离子残留，参数OD260/OD280比值1.8-2.0、OD260/OD230比值≥2.0。

测序文库浓度：量化文库构建浓度，参数要求≥10 nM以保证测序效率。

原始数据质量：评估测序reads质量，参数Q30比例≥85%、平均错误率≤0.1%为合格标准。

测序深度控制：计算转录本覆盖度，参数平均深度≥50X以全面捕获基因表达。

de novo组装评估：分析组装序列连续性，参数N50值≥2000 bp、最长contig长度≥5000 bp。

基因表达定量：量化转录本表达水平，参数FPKM值精度±0.5用于样本间比较。

差异表达分析：识别上调或下调基因，参数Fold Change阈值≥2、显著性p值≤0.05。

SNP检测：筛查单核苷酸多态性，参数变异频率≥10%、支持深度≥20 reads。

新转录本鉴定：发现未知基因序列，参数开放阅读框长度≥100氨基酸、表达支持reads≥5。

可变剪接分析：检测剪接事件，参数junction reads覆盖率≥10 reads、剪接支持率≥80%。

功能注释富集：基于GO和KEGG数据库注释路径，参数富集p值≤0.01、q值≤0.05。

融合基因筛查：识别基因融合事件，参数跨基因reads支持度≥5、断裂点精确度±5 bp。

表达相关性验证：计算基因共表达网络，参数相关系数阈值|r|≥0.7为显著。

样品批次效应校正：消除技术变异，参数主成分分析贡献度阈值≤10%。

检测范围

医学研究：应用于临床样本如肿瘤组织，分析疾病相关基因表达谱以探索病理机制。

农业育种：用于作物如水稻、玉米，鉴定抗逆性基因表达模式支持品种改良。

环境保护：针对污染物暴露生物如鱼类，监测环境压力下的转录组响应变化。

水生生物研究：适用于鱼类、藻类等水生生物，研究其适应环境变化的基因调控。

昆虫学领域：分析昆虫如蝗虫抗药性转录组，辅助害虫防控策略开发。

微生物组学：研究土壤或肠道微生物群落，揭示微生物功能基因表达动态。

植物病理学：应用于植物-病原互作系统，解析防御反应转录调控网络。

古生物学：针对化石或古样本，恢复降解RNA以重建古代生物基因表达。

药物开发：用于细胞模型，筛选药物靶点通过差异表达分析验证药效。

食品安全：检测食品中微生物如细菌，评估其转录活性以监控污染风险。

野生动物保护：研究濒危物种如熊猫，分析栖息地变化对基因表达影响。

发酵工业：应用于益生菌或酵母，优化发酵过程通过代谢通路表达调控。

病毒学研究：针对新兴病毒宿主，识别病毒复制相关宿主基因表达模式。

生物能源开发：用于藻类或细菌，分析生物燃料生产中的关键酶表达水平。

生态毒理学：研究污染物对小型生物如水蚤的转录组毒性效应评估机制。

检测标准

ISO 20387:2018 Biotechnology - Biobanking - Requirements for quality management in biobanks.

GB/T 37865-2019 高通量测序数据分析技术规范，规定测序数据处理流程和质量控制。

ISO/IEC 17025:2017 General requirements for the competence of testing and calibration laboratories.

ASTM E3134-18 Standard Guide for Transcriptomics, covering experimental design and data validation.

GB/T 30990-2014 生物信息学数据质量评估技术要求，包括数据完整性检查。

ISO 20166-1:2018 Molecular in vitro diagnostic examinations - Pre-examination processes for FFPE tissues for transcriptomic analysis.

GB/T 39513-2020 转录组测序数据分析技术要求，明确差异表达和功能注释标准。

ISO 5725-2:2019 Accuracy (trueness and precision) of measurement methods and results - Basic method for the determination of repeatability and reproducibility.

GB/T 19001-2016 质量管理体系要求，适用于检测过程的质量保证。

ISO 15189:2012 Medical laboratories - Requirements for quality and competence in molecular diagnostics testing.

GB/T 27407-2010 实验室质量控制规范 检测和校准实验室能力的要求，覆盖数据分析环节。

EN 16579:2020 Molecular diagnostic analysis - Pre-examination workflows for RNA-based testing.

GB/T 34020.3-2017 信息技术 生物信息学分析 第3部分：转录组数据分析方法。

ISO 10993-22:2017 Biological evaluation of medical devices - Guidance on nanomaterials testing for transcriptomic endpoints.

GB/T 33682-2017 高通量基因测序数据存储与交换格式，确保数据兼容性。

检测仪器

高通量测序系统：用于生成原始测序数据，参数支持双端150 bp读长、通量≥100 Gb per run，功能实现全转录组覆盖。

微量分光光度计：测定RNA浓度和纯度，参数波长范围200-800 nm、精度±0.001 Abs，功能确保样品质量合格。

生物分析平台：评估RNA完整性和文库大小分布，参数片段分辨率1-10000 bp、精度±5%，功能验证样品降解程度。

热循环仪：执行cDNA合成和PCR扩增，参数温度控制范围4-99°C、精度±0.1°C，功能完成文库制备步骤。

计算服务器集群：处理测序数据分析，参数支持CPU核心≥64、内存≥512 GB，功能运行de novo组装和差异表达算法。

凝胶成像系统：可视化RNA电泳结果，参数分辨率≥5 megapixel、灵敏度0.1 ng/μl，功能辅助完整性评估。

荧光定量仪：验证基因表达量，参数动态范围10⁶、精度±0.5 Cq值，功能校准测序数据准确性。

低温离心机：分离RNA样品，参数转速范围100-15000 rpm、温度控制-20至40°C，功能纯化提取物。

超微量核酸检测仪：快速测量低浓度RNA，参数检测下限0.5 ng/μl、体积1 μl，功能优化样品处理效率。

自动化样品处理工作站：整合RNA提取和建库，参数通量≥96 samples per run、误差率≤1%，功能提升检测流程标准化。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。