真菌高通量测序检测

北检院检测中心  |  完成测试:  |  2025-12-29  

真菌高通量测序检测基于新一代测序技术,对样本中真菌群落组成与丰度进行精准解析。该检测涵盖DNA提取、文库构建、上机测序及生物信息学分析全流程,适用于环境微生物研究、临床病原鉴定及食品药品安全监测等领域。检测过程严格遵循质量控制标准,确保物种分类与定量结果的可靠性。

注意:因业务调整,暂不接受个人委托测试望见谅。

检测项目

总DNA提取与纯化:采用物理破碎与化学裂解法从复杂样本中释放真菌基因组DNA,并通过吸附柱或磁珠去除蛋白质、多糖等抑制物,确保下游扩增效率。

引物设计与特异性验证:针对真菌核糖体RNA基因内转录间隔区等保守区域设计引物,通过体外扩增测试评估其种属覆盖范围与非目标生物扩增程度。

PCR扩增与产物质检:在优化反应体系下对目标基因片段进行扩增,利用琼脂糖凝胶电泳或微流控芯片检测扩增片段大小与浓度,排除非特异性产物。

文库构建与定量:将纯化后的PCR产物连接测序接头,构建可用于高通量测序平台的DNA文库,并通过荧光定量技术精确测定文库浓度。

上机测序与质量控管:使用高通量测序平台进行双末端测序,实时监控碱基质量值与序列产量,对低质量读数进行过滤以保证原始数据可靠性。

序列预处理与去噪:通过算法剔除嵌合体序列并校正测序错误,将高质量序列按样本来源进行拆分,生成可用于分类学分析的优化序列集合。

操作分类单元聚类:基于序列相似性阈值将预处理后的序列归并为操作分类单元,减少因测序误差造成的物种数量高估。

物种分类学注释:将代表性序列与真菌专用数据库进行比对,确定各操作分类单元对应的门、纲、目、科、属、种水平分类信息。

群落多样性分析:计算香农指数、辛普森指数等α多样性指标,评估样本内真菌物种丰富度与均匀度;通过主坐标分析揭示样本间β多样性差异。

功能基因预测分析:基于已知真菌基因组数据库推测群落潜在功能特征,如碳水化合物活性酶、次级代谢产物合成基因簇的分布情况。

病原真菌筛查鉴定:比对临床或环境样本中的序列数据与病原真菌数据库,快速识别可能存在的条件致病菌或产毒真菌物种。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验,获取相关数据资料;

出具检测报告。

北检(北京)检测技术研究院
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