表观遗传修饰位点定位

检测项目

全基因组DNA甲基化分析：在全基因组范围内定位5-甲基胞嘧啶（5mC）的分布，绘制甲基化图谱。

启动子区甲基化检测：特异性分析基因启动子区域的CpG岛甲基化状态，关联基因沉默。

羟甲基胞嘧啶（5hmC）定位：检测5-羟甲基胞嘧啶的基因组位置，研究其作为去甲基化中间产物的功能。

组蛋白H3K4me3修饰定位：定位与活跃转录启动相关的组蛋白H3第4位赖氨酸三甲基化修饰。

组蛋白H3K27me3修饰定位：定位与基因转录抑制相关的组蛋白H3第27位赖氨酸三甲基化修饰。

组蛋白H3K9ac修饰定位：定位与染色质开放和转录激活相关的组蛋白H3第9位赖氨酸乙酰化修饰。

染色质可及性区域定位：鉴定基因组中染色质开放、易于被调控蛋白结合的区域。

转录因子结合位点分析：通过表观遗传标记辅助定位特定转录因子的体内结合位点。

等位基因特异性修饰分析：检测来自父本和母本等位基因上表观遗传修饰的差异。

单细胞表观遗传修饰分析：在单个细胞水平上定位表观遗传修饰，揭示细胞异质性。

检测范围

全基因组范围：覆盖整个基因组序列，无偏好性地检测所有潜在修饰位点。

靶向基因Panel：针对与特定疾病或通路相关的一组预选基因区域进行深度检测。

CpG岛及 shores/shelves：重点关注CpG密集的岛屿区域及其上下游2kb（shores）和2-4kb（shelves）的延伸区域。

基因启动子与增强子区域：集中分析调控基因转录活性的核心非编码调控元件。

基因编码区与外显子：检测基因体（gene body）内部的修饰，常与转录延伸相关。

重复序列区域：如LINE、SINE、着丝粒卫星序列等，这些区域的修饰对基因组稳定性至关重要。

非编码RNA基因座：包括microRNA、lncRNA等非编码RNA的转录调控区域的修饰状态。

单碱基分辨率：能够精确到单个核苷酸水平确定修饰是否存在，是最高精度的检测范围。

低甲基化区域（LMRs）：特异性识别基因组中部分甲基化或低甲基化的片段。

差异甲基化区域（DMRs）：通过比较不同样本，识别甲基化状态存在显著差异的连续基因组区域。

检测方法

亚硫酸氢盐测序（BS-seq）：金标准方法，通过亚硫酸氢盐处理将未甲基化的C转化为U，从而在测序中单碱基分辨5mC。

甲基化DNA免疫共沉淀测序（MeDIP-seq）：使用5mC特异性抗体富集甲基化DNA片段，后进行测序，适用于全基因组甲基化筛查。

简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）：使用限制性内切酶富集CpG密集区域，再进行BS-seq，是一种经济高效的高分辨率靶向方法。

染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）：使用特异性抗体富集与特定组蛋白修饰或变体结合的DNA片段，是定位组蛋白修饰的核心技术。

转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）：利用高活性转座酶Tn5插入开放染色质区域，快速检测全基因组范围内的染色质可及性。

甲基化敏感限制性内切酶测序（MRE-seq）：联合使用对甲基化状态敏感的限制性内切酶，消化未甲基化位点的DNA，通过测序分析缺失区域来推断甲基化状态。

TET辅助吡啶硼烷测序（TAB-seq）：专门用于在全基因组范围内单碱基分辨率定位5hmC的方法。

CUT&Tag / CUT&RUN：新型的体内染色质蛋白定位技术，在细胞核内直接进行抗体引导的酶切，背景低、信噪比高。

全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）：对经亚硫酸氢盐处理后的全基因组DNA进行深度测序，是单碱基分辨率全基因组甲基化分析最全面的方法。

焦磷酸测序：基于序列延伸的定量检测方法，常用于对BS-seq或靶向测序结果中的关键CpG位点进行精确验证和定量。

检测仪器设备

高通量DNA测序仪（Illumina NovaSeq / HiSeq）：进行大规模并行测序的核心平台，适用于所有基于NGS的表观基因组学方法。

焦磷酸测序仪（Pyrosequencer）：用于对特定短序列进行实时、定量的碱基序列分析，验证甲基化位点。

实时荧光定量PCR仪（qPCR）：用于对ChIP、MeDIP等富集后的DNA进行快速、定量的靶向验证和分析。

超声波破碎仪（Covaris）：用于将染色质或DNA剪切至特定大小范围（如150-300bp），是ChIP-seq、MeDIP-seq等实验的关键前处理设备。

磁珠分离系统（DynaMag）：用于抗体-磁珠复合物与样本的孵育、清洗和分离，是免疫共沉淀实验中的常用设备。

生物分析仪（Agilent Bioanalyzer / TapeStation）：用于精确评估DNA/RNA片段的大小分布、浓度和完整性，监控文库构建质量。

定量微滴式数字PCR系统（ddPCR）：提供绝对定量的核酸分子计数，可用于高精度验证低丰度表观遗传变异。

单细胞分离与建库系统（10x Genomics Chromium）：实现高通量单细胞水平的染色质可及性（ATAC-seq）或表观修饰联合分析。

纳米孔测序仪（Oxford Nanopore MinION/PromethION）：能够直接检测DNA修饰（如5mC），无需亚硫酸氢盐处理，实现长读长表观遗传测序。

Sanger测序仪：用于对亚硫酸氢盐处理后的PCR产物进行克隆测序，是传统但准确的单一位点甲基化验证方法。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。