甲基化程度分析

检测项目

全基因组甲基化水平：评估整个基因组中所有CpG位点的平均甲基化比例，反映整体甲基化状态。

特定基因启动子区甲基化：针对目标基因启动子区域的CpG岛进行高精度分析，关联基因沉默。

差异甲基化区域分析：比较不同样本（如疾病vs正常）之间甲基化水平存在显著差异的基因组区域。

单碱基分辨率甲基化图谱：精确测定每一个胞嘧啶位点（C位点）的甲基化状态，获得最精细的图谱。

羟甲基化检测：区分5-甲基胞嘧啶与其氧化产物5-羟甲基胞嘧啶，用于研究主动去甲基化过程。

等位基因特异性甲基化：分析来自父母双方的同源染色体上特定基因座的甲基化差异。

印记基因甲基化状态：检测基因组印记区域中亲本特异性甲基化标记的维持情况。

线粒体DNA甲基化：分析线粒体基因组中CpG及非CpG位点的甲基化，探索其表观遗传调控。

循环游离DNA甲基化：对血液等体液中游离DNA的甲基化进行检测，用于无创诊断与监测。

环境暴露的甲基化生物标志物：寻找因环境因素（如吸烟、污染）引起的特异性甲基化改变模式。

检测范围

人类基因组：涵盖从全基因组到单个位点，包括核DNA与线粒体DNA的甲基化分析。

动植物模型基因组：适用于小鼠、大鼠、拟南芥、水稻等多种模式生物的甲基化研究。

临床组织样本：包括肿瘤组织、癌旁组织、正常组织以及福尔马林固定石蜡包埋样本。

液体活检样本：血液、血浆、血清、脑脊液、尿液等中的循环核酸。

细胞系与原代细胞：用于体外实验的各类永生化和原代培养细胞。

微生物基因组：研究细菌等微生物中DNA甲基化在其限制修饰系统和基因调控中的作用。

古DNA样本：对考古发掘的古代生物遗骸中的DNA进行甲基化痕迹分析。

植物发育与胁迫响应：研究植物在不同发育阶段或非生物胁迫下的甲基化动态。

生殖细胞与早期胚胎：分析配子发生和胚胎发育过程中剧烈的甲基化重编程事件。

特定染色体区域：如端粒、着丝粒等异染色质区域的甲基化状态检测。

检测方法

亚硫酸氢盐测序：金标准方法，通过亚硫酸氢盐处理将未甲基化的C转化为U，进而通过测序区分。

甲基化特异性PCR：设计针对甲基化或非甲基化序列的引物，进行PCR扩增以快速检测特定位点。

焦磷酸测序：基于序列延伸时掺入核苷酸释放焦磷酸的原理，对短序列进行定量甲基化分析。

甲基化DNA免疫共沉淀测序：使用5mC特异性抗体富集甲基化DNA片段，然后进行高通量测序。

简化代表性亚硫酸氢盐测序：一种经济高效的全基因组甲基化筛查方法，通过酶切富集基因组代表性区域。

全基因组亚硫酸氢盐测序：在单碱基分辨率上绘制全基因组甲基化图谱的最全面技术。

甲基化芯片：使用高密度微阵列（如Illumina EPIC阵列）同时检测数十万个预选CpG位点。

高效液相色谱-质谱联用：将DNA酶解为单核苷酸后，定量检测5-甲基脱氧胞苷的含量，获得全局水平。

限制性内切酶法：利用对甲基化敏感或不敏感的同裂酶进行酶切，通过电泳或qPCR分析差异。

第三代纳米孔测序：利用Oxford Nanopore等技术直接检测经过修饰的碱基，无需亚硫酸氢盐转化。

检测仪器设备

高通量测序仪：如Illumina NovaSeq、HiSeq系列，用于进行全基因组及靶向甲基化测序。

焦磷酸测序仪：如Qiagen PyroMark Q96/48，用于对特定短片段进行精确的定量甲基化分析。

实时荧光定量PCR仪：用于进行MSP、qMSP或基于染料的甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析。

微阵列芯片扫描仪：如Illumina iScan，用于读取甲基化芯片杂交后的荧光信号。

高效液相色谱仪：与质谱联用，用于精确测量基因组整体甲基化水平。

质谱仪：通常与HPLC或LC联用，用于检测和定量经酶解后的甲基化核苷酸。

纳米孔测序设备：如Oxford Nanopore MinION、PromethION，用于直接实时测序包括甲基化在内的碱基修饰。

核酸蛋白定量仪：如Thermo Fisher Nanodrop，用于快速评估DNA样品的浓度和纯度。

生物分析仪/片段分析仪：如Agilent Bioanalyzer，用于精确评估DNA片段大小分布及完整性。

亚硫酸氢盐处理系统：如Qiagen EpiTect系列试剂盒及配套热循环仪，用于标准化完成亚硫酸氢盐转化。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。