甲基化水平检测

检测项目

全基因组甲基化测序：一种高通量方法，用于无偏倚地检测整个基因组中所有CpG位点的甲基化状态。

靶向区域甲基化测序：针对特定的基因或基因组区域（如启动子区）进行深度甲基化分析。

甲基化特异性PCR：通过设计针对甲基化和非甲基化DNA序列的引物，对特定CpG位点进行定性检测。

焦磷酸测序：一种定量检测方法，通过测序过程中掺入的核苷酸比例来精确计算特定CpG位点的甲基化水平。

甲基化敏感型限制性内切酶分析：利用对甲基化状态敏感的限制性内切酶消化DNA，通过电泳或qPCR分析甲基化差异。

Illumina Infinium甲基化芯片：使用高通量芯片技术同时检测数十万个预选的CpG位点的甲基化水平。

羟甲基化检测：专门用于区分和检测5-羟甲基胞嘧啶这一重要的甲基化衍生修饰。

单细胞甲基化组分析：在单个细胞水平上研究DNA甲基化图谱，揭示细胞异质性。

液相色谱-质谱联用分析：通过物理化学方法精确测量基因组整体甲基化胞嘧啶的比例。

甲基化DNA免疫共沉淀测序：利用抗5-甲基胞嘧啶抗体富集甲基化的DNA片段，随后进行测序分析。

检测范围

基因组DNA：从各种生物样本（如血液、组织、细胞）中提取的基因组DNA是甲基化检测的主要材料。

特定基因启动子区：基因转录起始点附近的CpG岛区域是甲基化调控基因表达的关键区域。

CpG岛：基因组中CpG序列高度聚集的区域，通常与基因启动子相关，是甲基化研究的焦点。

基因本体：检测范围可覆盖特定功能分类的基因集合，如肿瘤抑制基因、印记基因等。

重复序列元件：如LINE-1、Alu等转座子元件的甲基化水平常作为基因组整体甲基化状态的标志。

游离DNA：存在于血液等体液中的无细胞DNA，其甲基化模式可用于无创产前诊断和液体活检。

福尔马林固定石蜡包埋组织：临床存档样本的DNA，经过特殊处理后可用于回顾性甲基化研究。

植物基因组：适用于研究植物在不同发育阶段或环境胁迫下的DNA甲基化变化。

微生物基因组：用于研究细菌等微生物的表观遗传调控机制。

线粒体DNA：研究线粒体基因组CpG位点的甲基化及其与疾病的关系。

检测方法

亚硫酸氢盐测序法：金标准方法，利用亚硫酸氢盐将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变，通过测序区分。

甲基化特异性PCR：基于亚硫酸氢盐处理后的序列差异，设计两对引物分别扩增甲基化和非甲基化等位基因。

焦磷酸测序：一种基于酶联发光的定量测序技术，能对单个CpG位点进行精确的甲基化百分比测定。

甲基化敏感型高分辨率熔解曲线分析：利用亚硫酸氢盐处理后的DNA序列熔解温度差异，无需测序即可检测甲基化状态。

全基因组甲基化芯片：如Illumina EPIC阵列，通过探针杂交同时检测超过85万个CpG位点，通量高、成本相对较低。

简化代表性亚硫酸氢盐测序：一种经济高效的高通量测序方法，通过限制性酶切富集基因组的代表性片段进行甲基化分析。

甲基化DNA免疫共沉淀：使用特异性抗体富集甲基化DNA片段，结合芯片或测序进行全基因组甲基化图谱分析。

液相色谱-串联质谱法：将DNA酶解为核苷，通过LC-MS/MS精确量化5-甲基脱氧胞苷的含量，反映整体甲基化水平。

酶学甲基化检测：利用甲基化敏感或不敏感的限制性内切酶组合消化DNA，通过后续分析判断甲基化状态。

单分子实时测序：如PacBio SMRT或Oxford Nanopore测序，可直接检测甲基化修饰，无需亚硫酸氢盐处理。

检测仪器设备

高通量DNA测序仪：如Illumina NovaSeq、HiSeq系列，是进行全基因组甲基化测序和靶向测序的核心设备。

焦磷酸测序仪：如Qiagen PyroMark Q系列，专门用于运行焦磷酸测序反应并进行定量分析。

实时荧光定量PCR仪：用于进行甲基化特异性PCR、高分辨率熔解曲线分析及基于qPCR的甲基化检测。

芯片扫描仪：如Illumina iScan系统，用于读取甲基化芯片上的荧光信号，获取原始甲基化数据。

液相色谱-质谱联用仪：用于整体甲基化水平分析的精密仪器，提供高准确度的定量结果。

核酸蛋白定量仪：如Nanodrop或Qubit，用于精确测定DNA样本的浓度和纯度，是预处理的关键步骤。

亚硫酸氢盐处理系统：如EZ DNA Methylation系列试剂盒所需的PCR仪、水浴锅或热循环仪，用于完成DNA转化。

电泳系统：包括凝胶成像系统和电泳槽，用于分析MS-PCR、酶切等方法的产物。

单细胞分离与建库系统：如Fluidigm C1、10x Genomics Chromium系统，用于单细胞甲基化测序的样本制备。

生物信息学分析服务器/工作站：配备高性能计算单元和大容量存储，用于处理和分析海量的甲基化测序数据。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。