海鳗空间转录组检测

检测项目

RNA提取纯度检测：评估RNA样本质量，具体检测参数包括A260/A280比值1.8-2.0和A260/A230比值2.0-2.2。

文库浓度测定：量化测序文库的DNA含量，具体检测参数使用荧光法测量范围0.1-100 ng/μL。

片段大小分析：确定DNA片段分布，具体检测参数通过电泳图谱分析大小范围200-500 bp。

测序深度评估：计算目标区域覆盖度，具体检测参数为平均深度30x以上。

基因表达量化：测量转录本丰度，具体检测参数采用FPKM或TPM值进行标准化。

空间分辨率检测：评估基因定位精度，具体检测参数为像素大小10 μm。

数据质量控制：检查测序数据可靠性，具体检测参数包括Q30评分≥85%。

序列比对率：计算 reads 比对到参考基因组的比例，具体检测参数要求≥90%。

单核苷酸多态性检测：识别基因变异，具体检测参数为最低覆盖度10x和等位基因频率≥5%。

差异表达分析：比较不同条件下基因表达变化，具体检测参数使用log2折叠变化≥1和p值<0.05。

检测范围

海鳗肝脏组织：用于研究代谢相关基因的空间表达模式。

海鳗肌肉组织：分析运动功能和收缩蛋白基因的分布。

海鳗脑组织：探索神经系统转录组的定位特性。

海鳗心脏组织：检测心血管基因在组织中的表达。

海鳗鳃组织：研究呼吸和离子调节基因的空间变化。

海鳗皮肤组织：分析屏障功能和免疫响应基因的定位。

海鳗胚胎组织：用于发育生物学中的基因表达图谱。

海鳗肿瘤样本：检测癌症相关基因的空间异质性。

海鳗感染组织：研究病原响应转录本的分布。

海鳗环境适应样本：分析应激反应基因在组织中的表达。

检测标准

ISO 20395:2019 生物技术 - 测序方法验证要求。

GB/T 34796-2017 核酸提取和纯化试剂盒通用技术条件。

ASTM E3130-18 标准指南用于下一代测序数据质量评估。

ISO 20184-1:2018 分子体外诊断检验 - 测序性能验证。

GB/T 37872-2019 高通量测序数据格式和存储规范。

ISO 15189:2012 医学实验室 - 质量和能力要求。

GB/T 19001-2016 质量管理体系要求。

ISO 17025:2017 检测和校准实验室能力的通用要求。

GB/T 27406-2008 实验室质量控制规范 for 分子生物学。

ASTM WK65076 空间转录组学检测方法指南。

检测仪器

显微切割系统：用于精确分离组织区域，功能包括激光捕获显微切割以获取特定细胞群。

高通量测序平台：进行大规模DNA测序，功能生成短读长或长读长序列数据。

荧光成像显微镜：捕获样本荧光信号，功能用于检测标记的核酸探针的空间分布。

生物分析仪：分析核酸片段大小和质量，功能提供电泳图谱以评估文库完整性。

实时定量PCR仪：测量基因表达水平，功能通过Ct值进行相对或绝对定量。

离心机：分离样本组分，功能转速可达15000 rpm用于RNA沉淀。

自动化核酸提取仪：处理多个样本并行提取，功能支持96孔板格式的RNA纯化。

低温存储设备：保存生物样本和试剂，功能维持-80°C环境以防止降解。

高性能计算服务器：存储和分析大数据，功能运行生物信息学管道进行序列比对。

空间转录组成像工作站：处理和分析空间数据，功能生成基因表达热图和可视化图谱。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。