微生物宏基因组测序检测

检测项目

DNA提取：从样本中分离微生物DNA；具体检测参数包括提取效率、DNA纯度A260/A280比值、浓度ng/μL。

文库构建：将DNA片段适配到测序平台；具体检测参数包括文库大小bp、浓度nM、适配效率百分比。

测序运行：进行高通量测序；具体检测参数包括读长bp、测序深度X、错误率百分比。

数据质量控制：评估原始测序数据质量；具体检测参数包括Q30百分比、GC含量百分比、接头污染率。

序列组装：将短读长序列组装成contigs；具体检测参数包括N50长度、组装完整性百分比、contig数量。

基因预测：识别编码序列；具体检测参数包括基因数量、平均基因长度bp、预测准确性。

物种分类：将序列分配到 taxonomic groups；具体检测参数包括分类分辨率、物种丰度、多样性指数。

功能注释：关联基因到功能数据库；具体检测参数包括KEGG通路覆盖、GO术语数量、酶编码基因比例。

多样性分析：计算微生物群落多样性；具体检测参数包括Shannon指数、Bray-Curtis距离、均匀度。

统计分析：进行差异表达或丰度分析；具体检测参数包括p值、fold change、置信区间。

检测范围

环境水样：用于监测水生微生物群落组成和变化。

土壤样本：分析土壤微生物生态和功能多样性。

人类粪便：研究肠道微生物组与健康关联。

食品样本：检测食品中的微生物污染和腐败菌。

临床样本：诊断感染性疾病的病原微生物。

工业废水：评估废水处理系统中的微生物活性。

空气样本：监测空气微生物分布和空气质量。

动物组织：研究动物相关微生物和共生关系。

植物根系：分析根际微生物群落和互作。

生物膜样本：研究表面附着微生物的结构和功能。

检测标准

ISO 11737-1:2018 医疗器械的微生物方法部分。

GB/T 37850-2019 微生物宏基因组测序技术规范。

ASTM E2180-18 抗菌活性测试标准方法。

ISO 4833-1:2013 食品和动物饲料微生物计数。

GB 4789.2-2016 食品微生物学检验总则。

ISO 14698-1:2003 洁净室及相关控制环境微生物污染控制。

ASTM D5465-16 环境水样微生物分析指南。

GB/T 5750.12-2006 生活饮用水标准检验方法微生物指标。

ISO 19036:2019 微生物测量不确定性评估。

GB 15979-2002 一次性使用卫生用品卫生标准。

检测仪器

DNA提取仪：用于自动化提取微生物DNA；具体功能包括样本裂解、核酸纯化和洗脱步骤。

高通量测序仪：进行大规模并行测序；具体功能生成短读长或长读长序列数据。

微量分光光度计：测量DNA浓度和纯度；具体功能提供A260/A280和A260/A230比值。

生物信息学分析软件：处理测序数据；具体功能包括序列比对、注释和统计计算。

离心机：用于样本预处理和DNA沉淀；具体功能分离细胞碎片和核酸。

PCR仪：扩增特定基因区域；具体功能用于靶向宏基因组测序准备。

电泳系统：检查DNA片段大小和质量；具体功能可视化凝胶 band 模式。

文库制备系统：构建测序文库；具体功能进行DNA片段化、末端修复和适配连接。

数据存储服务器：存储大规模测序数据；具体功能确保数据安全、备份和快速访问。

质量控制仪器：如荧光计测量DNA浓度；具体功能高灵敏度定量核酸样本。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。