微生物宏转录组测序检测

检测项目

RNA提取完整性检测：通过电泳或微流控技术评估RNA样本的完整性和纯度，确保无降解或污染，为后续测序提供高质量模板，避免数据偏差。

文库构建质量评估：检查cDNA文库的浓度、片段大小分布和适配体连接效率，确保文库符合测序平台要求，保证测序数据的均匀性和覆盖度。

测序深度控制：监控测序过程中每个样本的读数数量，确保达到足够深度以捕获低丰度转录本，提高基因表达定量的准确性。

序列比对准确性：使用参考基因组或数据库进行序列比对，评估比对率和错误率，确保转录本定位正确，减少分析误差。

基因表达定量分析：通过计数比对到基因的读数，计算表达水平，用于比较不同样本或条件下的转录活性，支持功能研究。

差异表达基因鉴定：统计分析不同组别间基因表达变化，识别显著上调或下调的基因，揭示微生物群落的响应机制。

功能注释验证：将基因序列映射到功能数据库（如KEGG、GO），评估代谢通路和生物学过程，确保注释结果的可靠性。

污染物筛查：检测样本中可能的外源RNA或DNA污染，通过比对排除非目标序列，保证数据纯净性。

数据标准化处理：应用统计方法（如TPM、FPKM）校正测序深度和基因长度差异，使表达数据可比，减少技术变异。

统计分析可靠性：使用多元统计检验评估数据显著性，确保差异表达和聚类分析结果的可重复性，支持科学结论。

检测范围

环境土壤样本：来源于农田、森林等生态系统的土壤微生物群落，用于研究养分循环和污染物降解过程中的转录活性。

水体微生物群落：包括淡水、海水等水体中的浮游和沉积微生物，分析其代谢活动对水质和生态系统的影响。

人体肠道微生物：采集粪便或肠道内容物样本，评估微生物功能与健康状态的关联，支持疾病机制研究。

工业发酵样品：来自生物反应器或发酵罐的微生物群体，监测代谢通路优化和生产效率提升的转录基础。

农业土壤改良剂：施用有机肥或微生物制剂后的土壤样本，分析微生物功能变化对作物生长和土壤健康的促进作用。

临床感染样本：从患者体液或组织中提取的病原微生物RNA，用于鉴定毒力基因表达和抗生素耐药机制。

食品微生物安全：检测食品加工环境中的微生物转录组，评估腐败或致病菌的活动，确保食品安全和质量控制。

海洋生物膜样本：海洋表面或设备上形成的微生物膜，研究其附着、代谢和抗逆性相关的基因表达特征。

空气微生物监测：采集大气颗粒物中的微生物RNA，分析空气传播病原体的活性和环境适应能力。

极端环境样本：来自高温、高压或高盐环境的微生物群落，揭示其独特代谢途径和生存策略的转录调控。

检测标准

ISO 20391-1:2018《生物技术 微生物群落分析 第1部分：测序数据质量控制》：规定了微生物群落测序数据的前处理和质量评估要求，包括序列过滤和错误校正，确保数据可靠性。

GB/T 35828-2018《微生物宏基因组测序技术规范》：中国国家标准，涵盖样品采集、DNA/RNA提取和测序流程，适用于宏转录组测序的质量控制环节。

ISO 17635:2016《分子生物学检测通用指南》：提供分子检测方法的通用原则，包括RNA处理和分析的标准化步骤，支持检测一致性。

ASTM E3134-2018《环境微生物测序数据评估标准指南》：指导环境样本测序数据的分析和解释，涉及转录组数据的统计验证和报告要求。

GB/T 37870-2019《生物样本RNA提取与保存技术规范》：规定RNA样本的采集、保存和提取方法，确保样本完整性用于后续测序分析。

ISO 20166:2019《测序数据存储与交换格式》：标准化测序数据的文件格式和元数据记录，促进数据共享和比较分析。

GB/T 39108-2020《高通量测序数据质量控制指南》：中国标准，涵盖测序深度、错误率和覆盖度评估，适用于宏转录组检测流程。

检测仪器

高通量测序仪：采用边合成边测序技术，生成数百万条序列读数，用于捕获微生物转录本，提供基因表达数据的基础。

实时荧光定量PCR仪：通过荧光信号监测扩增过程，定量特定基因的表达水平，用于验证测序结果和靶向分析。

生物分析仪：基于微流控芯片评估RNA或DNA的完整性和浓度，确保样本质量符合测序前处理要求。

核酸提取工作站：自动化完成样本裂解、纯化和洗脱步骤，提高RNA提取效率和一致性，减少人为误差。

数据存储服务器：配备大容量存储和高速处理单元，用于原始测序数据的存储、备份和初步分析，支持大规模计算。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。