核酸降解度评估

检测项目

DNA/RNA完整性数值：通过电泳或芯片分析，量化评估核酸大片段的存在比例，是衡量降解程度的核心指标。

28S/18S rRNA比值：对于真核生物总RNA，通过计算其核糖体RNA条带的亮度比值，快速评估RNA完整性。

DV200值：指RNA片段中大于200个核苷酸的片段所占百分比，是评估FFPE样本等降解RNA质量的关键参数。

片段分布图谱：直观展示核酸样本中不同长度片段的分布情况，是判断降解模式和程度的基础。

基因组DNA污染：检测RNA样本中是否混有基因组DNA，严重的DNA污染会干扰下游分析。

蛋白质污染：评估核酸提取物中残留的蛋白质含量，过高的蛋白污染可能抑制酶促反应。

有机溶剂/离液盐残留：检测提取过程中使用的苯酚、胍盐等试剂的残留，这些物质会影响核酸稳定性和下游实验。

核酸浓度与纯度：使用分光光度法测定核酸浓度及A260/A280、A260/A230比值，初步判断纯度与污染物。

PCR可扩增性：通过扩增不同长度的靶片段，评估核酸模板支持PCR反应的能力，是功能性的重要指标。

测序文库质量：评估由待测核酸构建的测序文库在片段大小、浓度及复杂度上是否符合高通量测序要求。

检测范围

临床FFPE组织样本：福尔马林固定石蜡包埋组织中的核酸通常存在严重降解与交联，需专门评估。

新鲜冷冻组织：评估因手术离体后处理不及时或冻存过程不当引起的核酸降解。

血液、血清与血浆：检测循环游离DNA/RNA的完整性，对无创产前诊断、肿瘤早筛等应用至关重要。

细胞培养物：评估细胞收获、裂解过程中因内源性核酸酶或操作不当导致的降解。

法医与考古样本：对陈旧、极端环境保存的生物样本中高度降解的微量核酸进行质量评估。

植物组织样本：植物组织富含多糖、多酚等次生代谢物，易导致核酸降解或共纯化，需严格评估。

微生物样本：评估从环境或培养物中提取的微生物核酸，特别是针对具有厚细胞壁的微生物。

体液样本：包括唾液、尿液、脑脊液等，评估其中不稳定细胞外核酸的降解状态。

核酸提取试剂盒产物：对不同品牌、原理的核酸提取试剂盒的产出质量进行标准化评估与比较。

长期储存的核酸样本：评估在-80°C或液氮中长期保存的核酸库是否因反复冻融或储存条件变化而发生降解。

检测方法

琼脂糖凝胶电泳：传统方法，通过核酸在凝胶中的迁移条带判断其完整性、降解及污染情况。

毛细管电泳：基于芯片或毛细管的自动化电泳，提供高灵敏度、数字化的片段大小分布和浓度数据。

微流控芯片电泳：使用生物分析仪等设备，自动化、高通量地分析核酸完整性，所需样本量极少。

紫外-可见分光光度法：快速测定核酸浓度和A260/A280、A260/A230比值，初步判断纯度。

荧光染料定量法：使用RNA/DNA特异性荧光染料，通过荧光计定量，比紫外法更灵敏、抗干扰。

实时荧光定量PCR：通过扩增不同长度（通常为长、短片段）的靶基因，计算比值来定量评估降解度。

数字PCR：绝对定量特定靶标序列的完整拷贝数，尤其适用于评估高度降解或复杂背景样本。

高通量测序预检：通过小规模测序运行，直接评估文库的复杂度、片段分布及测序适应性。

核糖体RNA分析：专门用于RNA，通过分析rRNA的峰图或电泳条带，评估RNA完整性。

芯片杂交分析：利用基因表达谱芯片的3‘/5‘探针信号比，评估RNA样本的降解偏向性。

检测仪器设备

琼脂糖凝胶电泳系统：包括电泳槽、电源和成像系统，用于传统核酸完整性可视化分析。

生物分析仪：基于微流控芯片的自动化电泳设备，提供高精度的核酸完整性数值和片段分布图。

毛细管电泳仪：提供类似生物分析仪的核酸片段分析功能，部分型号通量更高，分辨率优异。

紫外-可见分光光度计：用于快速测量核酸样本在260nm、280nm等波长下的吸光度，计算浓度与纯度比值。

荧光分光光度计：配合特异性荧光染料，对微量核酸样本进行高灵敏度定量。

实时荧光定量PCR仪：执行基于qPCR的核酸完整性检测方法，如长片段PCR扩增效率分析。

数字PCR系统：提供绝对定量的核酸完整性评估，尤其适用于低浓度或高降解样本。

高通量测序仪：用于对核酸文库进行深度质量评估，直接反映其测序适用性。

全自动核酸提取工作站：标准化核酸提取流程，从源头上减少操作引入的降解，其产出需进行评估。

超微量核酸蛋白测定仪：专门用于微量样本的核酸浓度与纯度检测，样品需求量可低至0.5μL。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。