全基因组测序试验

检测项目

基因组DNA提取与质控：从样本（如血液、组织）中纯化高质量、完整的基因组DNA，并进行浓度、纯度及完整性检测，确保满足建库要求。

DNA片段化与末端修复：通过物理或酶学方法将长链DNA随机打断成特定大小片段，并对片段末端进行修复和平端化处理。

接头连接：在修复后的DNA片段两端连接上含有测序引物结合位点、索引（Barcode）序列等信息的特定寡核苷酸接头。

文库构建与扩增：通过PCR扩增连接了接头的DNA片段，构建成可用于上机测序的DNA文库，并纯化去除杂质。

文库质控与定量：使用生物分析仪或qPCR等方法对构建好的文库进行片段大小分布、浓度及质量的精确测定。

簇生成（Cluster Generation）：将文库DNA片段在流动槽（Flow Cell）表面通过桥式PCR或线性扩增形成高密度的单分子簇，作为测序模板。

高通量并行测序：采用边合成边测序（SBS）等技术，同时对数十亿个DNA簇进行大规模平行测序反应。

图像采集与碱基识别：在每轮化学反应后，通过高分辨率相机拍摄荧光信号图像，由软件将信号转换为碱基序列（A, T, C, G）。

原始数据产出（Raw Data）：生成包含测序序列（Reads）及其对应质量值的FASTQ格式文件，是后续分析的起点。

数据分析与解读：对原始数据进行生物信息学分析，包括序列比对、变异检测、注释及临床意义解读，生成最终报告。

检测范围

单核苷酸变异（SNV）检测：覆盖全基因组范围内单个碱基的替换、插入或缺失，是点突变分析的基础。

小片段插入缺失（InDel）检测：检测通常小于50bp的短序列插入或缺失事件。

拷贝数变异（CNV）检测：识别基因组大片段的重复或缺失，涉及一个或多个外显子乃至整个基因的拷贝数变化。

结构变异（SV）检测：分析基因组中大范围的变异，包括染色体易位、倒位、大片段插入缺失以及复杂重排等。

线粒体基因组测序：对细胞质中线粒体DNA的全长序列进行测定，用于分析线粒体基因突变及相关疾病。

人类白细胞抗原（HLA）分型：通过对高度多态性的HLA基因区域进行深度测序，实现高分辨率的HLA分型。

肿瘤体细胞突变谱分析：在肿瘤样本中，检测并区分体细胞突变与胚系突变，用于揭示驱动基因和指导靶向治疗。

微生物组关联分析：在宿主样本JianCe测共生或感染的细菌、病毒等微生物的基因组序列信息。

表观遗传学标记探索：结合特定建库技术，可研究全基因组范围内的DNA甲基化等修饰模式。

群体遗传学与进化分析：通过比较不同个体或物种的全基因组序列，研究遗传多样性、种群结构和进化历史。

检测方法

Sanger测序法（验证用）：作为金标准，用于对NGS检测出的关键变异进行单一位点的验证确认。

边合成边测序（SBS）法：目前主流的高通量测序原理，通过可逆终止子标记的dNTP，在DNA合成过程中实时读取碱基序列。

联合探针锚定聚合（cPAS）技术：一种基于纳米微球和规则阵列芯片的SBS技术，具有高准确性和低重复序列率的特点。

纳米孔单分子测序法：使单链DNA分子穿过纳米孔蛋白，通过测量孔道电流变化直接识别碱基序列，可实现超长读长。

全基因组鸟枪法策略：将基因组随机打断成小片段进行测序，然后利用生物信息学算法将短序列组装成完整基因组。

配对末端测序（Paired-End Sequencing）：对DNA片段的两端分别进行测序，获得成对的序列信息，有利于提高比对准确性和结构变异检测。

参考基因组比对法：将测序得到的短序列（Reads）与人类参考基因组序列进行比对定位，是变异识别的主要分析方法。

从头组装法：在不依赖参考基因组的情况下，直接将大量短序列重叠拼接，组装成连续的序列图谱，常用于新物种或高度变异区域。

目标区域捕获测序法（用于验证或补充）：虽然WGS为无偏性检测，但针对特定基因panel的捕获测序可作为深度补充或验证手段。

生物信息学分析流程标准化：采用如GATK、BWA、Samtools等标准化工具流程进行数据质控、比对、变异识别和注释。

检测仪器设备

高通量测序仪（NGS平台）：核心设备，如Illumina NovaSeq系列、HiSeq系列，或Thermo Fisher Ion GeneStudio S5系列等，用于执行大规模平行测序反应。

Sanger测序仪：如Applied Biosystems 3500系列，用于对关键位点进行一代测序验证。

纳米孔测序仪：如Oxford Nanopore公司的MinION、GridION或PromethION设备，提供长读长实时测序能力。

自动化核酸提取工作站: 如Qiagen QIAcube系列或KingFisher Flex系统，实现样本核酸提取的自动化、标准化和高通量化。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。