菌相分布宏基因组检测

检测项目

微生物多样性分析：评估样本中微生物的种类和丰度分布；具体检测参数包括16S rRNA基因测序、JianCe区域测序、Alpha多样性指数计算和Beta多样性分析。

功能基因预测：推断微生物群落的代谢和功能潜力；具体检测参数基于KEGG数据库注释、COG分类和基因丰度量化。

病原微生物检测：识别样本中潜在病原体的存在和风险；具体检测参数使用毒力因子基因标记、特异性PCR扩增和序列比对。

抗生素抗性基因分析：检测抗性基因的分布和丰度；具体检测参数参考CARD数据库、基因拷贝数计算和耐药性预测。

代谢途径分析：解析微生物的代谢网络和能量流动；具体检测参数通过MetaCyc数据库映射、途径富集分析和酶编码基因鉴定。

物种分类鉴定：将微生物序列鉴定到种或属水平；具体检测参数利用NCBI RefSeq数据库、SILVA参考序列和分类学分配算法。

群落结构分析：研究微生物群落的组成和动态变化；具体检测参数包括主坐标分析、聚类树构建和群落相似性指数计算。

基因丰度量化：测量特定功能基因的相对或绝对丰度；具体检测参数通过qPCR标准曲线、测序reads计数和归一化处理。

环境因子关联分析：探讨微生物群落与环境变量的关系；具体检测参数使用冗余分析、Mantel检验和多元统计模型。

病毒群落分析：检测样本中病毒颗粒的多样性和组成；具体检测参数基于virome测序数据、病毒基因组组装和分类注释。

真菌群落分析：专门分析真菌物种的分布和功能；具体检测参数采用JianCe基因测序、真菌特异性引物和数据库比对。

古菌分析：针对古菌群落的组成和特性；具体检测参数通过16S rRNA基因测序、古菌参考数据库和系统发育分析。

检测范围

土壤样本：用于环境微生物生态研究和土壤健康评估。

水体样本：包括淡水、海水和废水中的微生物群落分析。

食品样本：如发酵食品、乳制品和肉类产品的微生物安全检测。

人体样本：肠道微生物组、口腔和皮肤菌群的健康相关研究。

工业样本：废水处理系统、生物反应器和工业发酵过程的微生物监测。

农业样本：土壤、作物根际和农业废弃物的微生物多样性分析。

医疗样本：临床感染部位、医疗器械和医院环境的病原体检测。

空气样本：室内外空气质量监测和空气微生物群落研究。

动物样本：动物肠道、粪便和共生微生物的生态学分析。

植物样本：植物内生菌、叶际和根际微生物的相互作用研究。

沉积物样本：河流、湖泊和海洋沉积物中的微生物群落解析。

极端环境样本：高温、高盐或酸性环境中的嗜极微生物研究。

检测标准

ISO 11737-1:2018 医疗器械的灭菌 - 微生物方法 - 第1部分：产品上微生物种群的估计。

GB/T 35832-2018 食品微生物学检验 宏基因组学方法。

ISO 4833-1:2013 食品和动物饲料的微生物学 - 水平方法 - 第1部分：菌落计数技术。

ASTM E2315-16 环境样品中微生物群落的标准指南。

GB 4789.2-2016 食品微生物学检验 菌落总数测定。

ISO 13307:2017 食品和动物饲料的微生物学 - 水平方法 - 样品制备。

GB/T 33682-2017 水体中微生物多样性检测 宏基因组学方法。

ISO 17468:2016 食品和动物饲料的微生物学 - 水平方法 - 分子生物学技术的验证。

ASTM D4447-84 环境样品中微生物的标准测试方法。

GB/T 37870-2019 生物样品中微生物宏基因组测序技术规范。

检测仪器

高通量测序仪：用于生成大规模DNA序列数据；在本检测中执行全基因组或靶向基因测序，支持短读长或长读长技术。

核酸提取仪：自动化提取样本中的DNA或RNA；在本检测中确保核酸纯度和产量，减少污染和降解。

PCR扩增仪：用于扩增特定微生物基因区域；在本检测中进行文库构建前的目标片段放大，提高测序灵敏度。

生物信息学分析软件：处理和分析测序数据；在本检测中执行序列比对、多样性计算和功能注释。

离心机：用于样本预处理和核酸分离；在本检测中通过离心力分离微生物细胞和杂质。

电泳仪：检测DNA片段大小和质量；在本检测中验证提取核酸的完整性和文库构建效果。

恒温培养箱：用于样本前培养（如需要）；在本检测中促进微生物生长以增强检测信号。

显微镜：进行初步微生物观察；在本检测中辅助样本筛选和形态学评估。

定量PCR仪：测量特定基因的拷贝数；在本检测中用于基因丰度验证和绝对量化。

色谱仪：分析微生物代谢产物；在本检测中辅助功能基因验证和代谢物鉴定。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。