转录组的高通量测序检测

检测项目

RNA完整性检测：评估RNA降解程度，参数包括RIN值范围1.0~10.0，最低可检出限为0.1ng/μL。

cDNA文库构建质量检测：分析文库片段大小分布，参数设定为150~500bp长度范围，GC含量偏差控制在±5%以内。

测序深度检测：量化序列覆盖度，参数要求平均深度≥30×，最低覆盖区域深度不低于10×。

基因表达定量检测：计算相对表达水平，参数采用RPKM或TPM值，精度误差≤±5%。

差异表达分析检测：识别基因表达变化，参数包括p值阈值≤0.05，log2倍数变化≥1。

可变剪接检测：解析剪接变异体，参数涵盖剪接位点识别率≥95%，变异体计数精度±2%。

功能富集分析检测：评估通路富集程度，参数设置富集分数阈值≥2.0，p值≤0.01。

质量控制指标检测：监控测序数据质量，参数包括Q30比例≥80%，错误率≤0.1%。

序列比对率检测：衡量比对效率，参数要求比对到参考基因组的比例≥90%，比对偏差±3%以内。

表达相关性检测：分析基因间关联，参数使用皮尔逊相关系数范围-1.0~1.0，显著性阈值r≥0.7。

转录本组装检测：重建完整转录本，参数设定组装完整性≥95%，组装错误率≤0.5%。

微生物群落检测：识别外来RNA污染，参数包括污染基因比例≤1%，检出限为0.01%丰度。

检测范围

癌症研究：应用于肿瘤样本的基因表达谱分析，识别致癌标志物和治疗靶点。

神经科学研究：研究神经元或脑组织转录组变化，解析神经退行性疾病机制。

植物生物学：分析农作物或野生植物的基因表达，支持抗逆性育种和产量提升。

微生物学研究：检测细菌或真菌的转录活性，评估抗生素响应和环境适应。

免疫学研究：应用于免疫细胞转录组分析，揭示炎症或自身免疫疾病通路。

药物开发：评估化合物对细胞基因表达的影响，优化药效和毒性筛选。

环境保护监测：检测污染环境中的生物转录响应，评估生态毒性风险。

农业育种：分析作物在胁迫条件下的基因表达，辅助高产优质品种培育。

临床诊断：用于疾病早期标志物检测，如癌症或遗传病的基因表达特征。

基础生物学研究：探究基因功能演化，支持细胞分化或发育过程解析。

病毒学研究：检测宿主细胞对病毒感染的反应，揭示病原体复制机制。

转录调控研究：分析调控因子如转录因子的作用，构建基因网络模型。

检测标准

依据ISO 20387进行生物样本库质量控制，确保RNA样本存储稳定性。

GB/T 27407规定实验室操作规范，涵盖RNA提取和测序前处理流程。

ISO/IEC 17025通用检测标准，保证高通量测序数据可靠性和可重复性。

ASTM E2454推荐序列数据分析方法，优化表达定量和差异分析精度。

GB/T 31701涉及基因表达检测报告要求，规范结果呈现和验证程序。

ISO 5725-2标准用于测量不确定度评估，确保检测参数误差控制在允许范围内。

GB/T 33682指导转录组测序中的质量控制指标，如Q30比例和覆盖深度阈值。

ISO 15189医学实验室标准，适用于临床样本的转录组检测验证。

ASTM E3137规范微生物RNA污染检测，设定污染阈值和清除方法。

GB/T 35490涉及数据存储安全标准，确保测序原始数据保密和完整性。

检测仪器

高通量测序系统：用于大规模RNA序列读取，功能包括生成原始测序数据和覆盖深度计算。

生物分析仪：检测RNA质量完整性，功能为测量RIN值和降解度，支持样本预处理质量控制。

实时定量PCR平台：验证基因表达水平，功能包括靶标基因扩增和表达定量，用于结果交叉验证。

高性能计算服务器：处理大规模测序数据，功能涵盖序列比对、表达分析及统计建模，支持复杂算法运行。

荧光检测设备：监控文库构建过程，功能包括片段大小分布分析和GC含量测定，确保文库质量一致。

低温存储系统：保存RNA样本和文库，功能为维持-80°C环境稳定，防止降解。

自动化液体处理平台：标准化样本制备，功能包括精确移液和混合，减少人为误差。

数据管理系统：归档和分析结果，功能包括原始数据存储、报告生成及质量控制指标追踪。

检测流程

线上咨询或者拨打咨询电话;

获取样品信息和检测项目;

支付检测费用并签署委托书;

开展实验，获取相关数据资料;

出具检测报告。